|
|
Výskyt a význam konformace "molten-globule" v proteinech
Plutinský, Martin ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Martínek, Václav (oponent)
Součástí práce je literární rešerše na téma molten globule. Tento konformační stav vzniká obecně v roztocích některých bílkovin za použití mírných denaturačních podmínek jako termodynamicky stabilní stav. Někdy se pozoruje při zpětném sbalování meziprodukt taky s vlastnostmi molten globule. Předpokládá se, a u některých proteinů to bylo i prokázáno, že molten globule je identická při rozbalování a zpětném sbalení do nativního stavu. Druhá část práce se věnuje konformačním změnám ferricytochromu c z koňského srdce při pH v kyselé oblasti s i bez přídavku 0,5 M chloridu sodného. Cytochrom c je mitochondriální bílkovina sloužící jako mobilní přenašeč v dýchacím řetězci. Konformační změny jsem sledoval pomocí metody UV/VIS a derivační spektroskopie ve čtyřech oblastech absorpčního spektra cytochromu c - oblast absorpce aromatických aminokyselin, Soretův pás, Q pás a CT pás. Přítomnost chloridových aniontů (zvýšená iontová síla) stabilizuje pravděpodobně konformační stav molten globule v rozsahu pH 1,90-2,60. V roztocích bez přídavku soli jsem pozoroval změny polarity v okolí tyrosinových a tryptofanového zbytku (mezi pH 2,60 a 2,30) tak změny ve spinových stavech železa (kolem pH 2,10) v důsledku denaturace proteinu.
|
|
|
Phosphorylation of eukaryotic initiation factor 2α by alternative phosphate sources catalyzed by heme-regulated kinase: kinetic analysis
Ovad, Tomáš ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Heidingsfeld, Olga (oponent)
diplomová práce Ing. Bc. Tomáš Ovad Fosforylace eukaryotického iniciačního faktoru 2α alternativními zdroji fosfátu katalyzovaná kinasou regulovanou hemem: kinetická analýza Tato diplomová práce je zaměřena na fosforylaci eukaryotického iniciačního faktoru 2α (eIF2α) inhibitorem regulovaným hemem (HRI), která je klíčovou reakcí v regulaci eukaroytické pro- teosyntézy. V předešlých studiích byly stanoveny kinetické parametry této reakce v přítomno- sti ATP jako donoru fosfátu. Nebyla však studována možnost využití alternativních NTP (GTP, UTP, CTP) jako zdrojů fosfátu pro tuto reakci. V této diplomové práci byl hetero- logní expresí v E. coli získán wild-type enzym HRI a byla studována jeho kinasová aktivita v přítomnosti ATP, GTP, UTP a CTP. Byly určeny kinetické parametry a střední inhibiční koncentrace hemu pro reakci katalyzovanou HRI v přítomnosti jednotlivých NTP jako zdrojů fosfátu. Pro validaci těchto kinetických experimentů byly vyloučeny kontaminace ATP v roz- tocích GTP, UTP a CTP pomocí iontově párové chromatografie. Ukázalo se, že ačkoli ATP je nejefektivnějším zdrojem fosfátu pro kinasovou aktivitu HRI, i zbývající NTP (GTP, UTP, CTP) mohou být v dané reakci využity jako donory fosfátu. Tato...
|
|
|
Studium retence a separace peptidů v HPLC
Boudová, Hana ; Kalíková, Květa (vedoucí práce) ; Kubíčková, Anna (oponent)
Tato diplomová práce se zabývá studiem retence a separace strukturně odlišných peptidů a štěpných produktů cytochromu c pomocí kapalinové chromatografie v reverzním a smíšeném (mix) módu. Mezi modelové peptidy bylo vybráno pět nemodifikovaných dipeptidů, devět dipeptidů obsahující chránicí benzoylovou skupinu na N-koncové aminokyselině a osm terapeutických peptidů (penta- až dekapeptidy). Chromatografické chování modelových peptidů bylo testováno na třech různých kolonách: XBridge C18, XSelect CSH C18 a Atlantis Premier BEH C18 AX za různých podmínek. Byl testován vliv pH vodné složky mobilní fáze, tj. 2,1; 3,0; 4,7 a 6,8, a množství acetonitrilu v mobilní fázi na retenci a separaci vybraných peptidů. Dále byl sledován vliv koncentrace octanu amonného o pH = 6,8 v mobilní fázi na retenci a symetrii píků peptidů v koncentračním rozmezí 10-50 mmol l-1 . Byly optimalizovány chromatografické podmínky pro separaci 20 modelových peptidů na základní linii na koloně XSelect CSH C18 v mobilní fázi acetonitril/10mM octan amonný, pH = 6,8, (v/v) za použití gradientové eluce. V rámci této práce byly také optimalizovány chromatografické podmínky pro analýzu a identifikaci fragmentů trypticky naštěpeného cytochromu c. Mix mód kolona Atlantis Premier BEH C18 AX vykazovala nejvyšší selektivitu pro sledované...
|
|
|
Cytochrom c a jeho úloha při apoptóze
Rajsiglová, Lenka ; Kalous, Martin (vedoucí práce) ; Švadlenka, Jan (oponent)
Energetický metabolismus a zajišťování životaschopnosti buňky jsou procesy přísně kontrolované dráhami, ve kterých mají centrální úlohu cytochromy, především cytochrom c. Nachází se v mezimembránovém prostoru mitochondrií spolu s dalšími molekulami, se kterými spolupracuje na udržování energetického metabolismu. Permeabilizace vnější mitochondriální membrány, prováděná proteiny Bcl-2 rodiny nebo změnami v koncentracích Ca2+ , způsobuje uvolnění cytochromu c do cytosolu. V cytosolu cytochrom c interaguje s dalšími pro-apoptotickými proteiny (Apaf-1, prokaspáza-9) kooperujícími na tvorbě apoptosomu a fosfatidylserinem. Následkem těchto interakcí buňka podstupuje apoptózu. Tato bakalářská práce shrnuje současné znalosti těchto procesů. V první části se zaměřuje na biosyntézu cytochromu c, dále pak na mechanismy jeho uvolňování z mitochondrií a interakce s dalšími proteiny v rámci apoptózy včetně možností regulace těchto procesů.
|
|
|
Cytochrom c a jeho úloha při apoptóze
Rajsiglová, Lenka ; Kalous, Martin (vedoucí práce) ; Švadlenka, Jan (oponent)
Energetický metabolismus a zajišťování životaschopnosti buňky jsou procesy přísně kontrolované dráhami, ve kterých mají centrální úlohu cytochromy, především cytochrom c. Nachází se v mezimembránovém prostoru mitochondrií spolu s dalšími molekulami, se kterými spolupracuje na udržování energetického metabolismu. Permeabilizace vnější mitochondriální membrány, prováděná proteiny Bcl-2 rodiny nebo změnami v koncentracích Ca2+ , způsobuje uvolnění cytochromu c do cytosolu. V cytosolu cytochrom c interaguje s dalšími pro-apoptotickými proteiny (Apaf-1, prokaspáza-9) kooperujícími na tvorbě apoptosomu a fosfatidylserinem. Následkem těchto interakcí buňka podstupuje apoptózu. Tato bakalářská práce shrnuje současné znalosti těchto procesů. V první části se zaměřuje na biosyntézu cytochromu c, dále pak na mechanismy jeho uvolňování z mitochondrií a interakce s dalšími proteiny v rámci apoptózy včetně možností regulace těchto procesů.
|
|
|
Výskyt a význam konformace "molten-globule" v proteinech
Plutinský, Martin ; Hudeček, Jiří (vedoucí práce) ; Martínek, Václav (oponent)
Součástí práce je literární rešerše na téma molten globule. Tento konformační stav vzniká obecně v roztocích některých bílkovin za použití mírných denaturačních podmínek jako termodynamicky stabilní stav. Někdy se pozoruje při zpětném sbalování meziprodukt taky s vlastnostmi molten globule. Předpokládá se, a u některých proteinů to bylo i prokázáno, že molten globule je identická při rozbalování a zpětném sbalení do nativního stavu. Druhá část práce se věnuje konformačním změnám ferricytochromu c z koňského srdce při pH v kyselé oblasti s i bez přídavku 0,5 M chloridu sodného. Cytochrom c je mitochondriální bílkovina sloužící jako mobilní přenašeč v dýchacím řetězci. Konformační změny jsem sledoval pomocí metody UV/VIS a derivační spektroskopie ve čtyřech oblastech absorpčního spektra cytochromu c - oblast absorpce aromatických aminokyselin, Soretův pás, Q pás a CT pás. Přítomnost chloridových aniontů (zvýšená iontová síla) stabilizuje pravděpodobně konformační stav molten globule v rozsahu pH 1,90-2,60. V roztocích bez přídavku soli jsem pozoroval změny polarity v okolí tyrosinových a tryptofanového zbytku (mezi pH 2,60 a 2,30) tak změny ve spinových stavech železa (kolem pH 2,10) v důsledku denaturace proteinu.
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.